五云寺位于南靖县鹅仙洞风景区附近，是闽南著名古刹，主祀释迦牟尼佛、阿弥陀佛、药师佛。

　　据《南靖县志》记载，五云山峰有五支小山脉向山麓延伸，春雨初晴，祥云环绕山巅，故曰“五云山”。古刹居于半山腰亚热带雨林中间，当时，上下古寺有三座，上曰紫摩，中曰松柏，下曰五云，古寺周围岩石错落，岩洞别致，因此，称“五云寺”。

 

　　相传明代洪武年间，漳州南山寺净土禅师云游四方，传播佛学经典，路过南靖金山，夜宿水潮。清晨眺望五云山，彩云飞挂，紫气漫山。他喜出望外，前往实地观察，选择风光秀丽之处，修身养性，讲经论道，普济众生，创建五云寺。

　　净土禅师佛学渊博，武艺超群，医术高明，能为地方百姓除害、治病，排忧解难，因而名扬四方。

　　在创建五云寺期间，皇太子病重，虽经太医反复诊治，病情仍日见沉重。太祖皇帝心情非常焦虑。这时，太医陈元济上陈太祖皇帝，说他曾在武昌遇到一位高僧法号净土禅师，他擅长岐黄，医术高明，大有华佗再世，扁鹊重生之誉，如能宣诏入京为太子诊治，定有佳音。太祖皇帝应诺，问明了净土禅师最近云游至福建漳州府，在南靖金山发现一块风水宝地，正在募捐修建五云寺。

　　太祖皇帝马上派使臣，星夜赶路至南靖金山，宣诏净土禅师。净土禅师接诏后跟使臣飞速赶往京城。

　　净土禅师跟着内侍进入太子寝宫。只见床上躺着一位年近三十的青年，脸色枯黄，双眉紧蹙，四肢消瘦，腹部明显肿胀。

　　净土禅师问他有何不适？太子说：“近日来胸腹闷胀，两肋疼痛，间有恶心呕吐，浑身乏力。”

　　净土禅师观其脸色晦暗，舌苔白滑；切其脉，脉弦，初步判定是属于心绪过重，夜不能寝，形成肝郁脾虚，已是早期肝硬变。

　　净土禅师让内侍铺开文房四宝，开下药方，医案呈上太祖皇帝御览同意后，净土禅师就一边为太子扎针，一边和药敷贴。同时，亲自指导御厨煮鲤鱼赤豆汤。余下时间，净土禅师对太子进行说法，排除杂念，静坐疗养。六日后，太子腹水消尽，不再胸闷腹胀，饮食增进，脸色转红润。太祖皇帝大喜，拟留净土禅师在太医院为官。

　　净土禅师惦记着五云寺建设工程，不愿为官。他奏辞说：“贫僧既已出家，四大皆空，不以富贵为念，请求皇上让我回南靖金山募化兴建‘五云寺’则功德无量。”

　　太祖皇帝知他佛心归向，难于挽留，特赐五云寺为官家规制建筑，并御赐：玉印一枚、素珠三串、大门金钥匙一把，号为三宝。并指派名师用青冈大理石精雕细刻一套高七尺的石雕佛像五尊（阿弥陀佛、药师佛、释迦牟尼佛、观音菩萨、弥勒佛），供寺院敬奉。寺内对联有：“一指通元，化化生生闳慧法；五云献瑞，形形色色普祥光”、“三宝座前披宝签，会心处，石也起因；五云寺里眺云蒸，得意时，人俱脱俗”、“路转峰回，修尔五云圣地；风光月齐，恍然三岛名区”、“涤凡心，养禅心，半岭撮成鹫岭；高世界，辟法界，五云触起慈云”。

　　明代洪武二十七年（1394年），五云寺竣工，一时引来闽南各地的善男信女入寺进香朝拜，香客络绎不绝。当时，五云寺住僧有30多人，缘田30多亩，还建有讲经堂、畲野精舍书室，供学子读书，培养了众多名人学士。明代万历年间龙岩进士、刑部侍郎王命璇曾就读于此。清代汀漳龙道观察使单德谟出巡南靖，在五云寺游览时特为此题词作诗，赞叹不已。

　　以后，僧人了凡、广照等续于寺上增建紫摩、松柏共三院。清康熙、乾隆年间，庙产日丰，僧徒日众，住僧聚当、喜义等又前后扩建，至民国时期还屡经修葺。

　　由于历史原因，20世纪60年代，五云寺遭毁。为保存地方历史文物，恢弘佛教圣地，1995年，南靖县人民政府将修复五云岩列入旅游区开发规划。1997年，县政府发文决定修复“五云寺”。 1998年，金山镇河乾村筹集资金50余万元，在旧址修复五云寺。

　　五云寺洞多景奇，紫云洞、慈云洞、梯云洞、嵌云洞、彩云洞、雨伞洞、神鹿洞、别有洞天，洞洞相通，迂回曲折。置身其中，犹如进入神秘的地下迷宫。各洞大小不一，形状各异，行走于洞中，时而需低头躬身抱头而行；时而却能够健步如飞，昂首阔步。更为奇妙的是，当人们走到气喘吁吁之时，忽见眼前一堵石壁扑面而来，以为是到了尽头。再向前走，只见石壁旁边有一狭窄小径，贴身进去走两步，却见眼前开阔明朗。别有洞天里有石椅、石桌，供游客休息、品茶聊天。

　　据《南靖县志》记载，五云寺旁有流泉穿石，汇为小池，观察单德谟题为“半月泉”。叙曰：“余出巡，宿卢山书舍，有池形如半月，流泉活泼，足以澄怀而观道。因忆东坡守潮时之诗句，取以颜之。”

　　五云岩存有清代汀漳道单德谟书的大“寿”字；清代卢寅清书的“福”、“峰回路转”；吴钅奇书的“嵌云”；吴德山书的“梯云”；希亭云朝书的“彩云何在”。1998年，五云岩被列入南靖县第四批文物保护单位。2004年，被批准为宗教活动场所。

　　在五云寺《慈云亭》石阶下，现存保护完好的开山祖师净土禅师和了凡禅师、清朝道影和尚、瑞应禅师等4座塔墓。